Der Watamu Nationalpark umschliesst grösstenteils ein Lagunenhabitat von durchschnittlich 6 m Wassertiefe, das in einigen Löchern auch bis auf 12 m abfällt. Von den drei Saumriffen, die in einem Abstand von 1,2 – 2 km vor der Küste verlaufen, liegen die äusseren beiden bereits im Malindi Marine National Reserve, ebenso wie die einzelnen Korallenblöcke, die noch weiter draussen in tieferen Regionen wie Unterwasserinseln vom Meeresboden aufragen. Ein viertes völlig andersartiges Ökosystem ist das bei Niedrigwasser fast trocken fallende Mangroven- und Wattgebiet des Mida Creek.
Auch relativ grosse Teile der Lagunen selbst sind bei Ebbe ohne Wasser. Die Fische sammeln sich dann in einigen zurückbleibenden Pools, wärendauf dem trockenen Meeresboden für einige Stunden alle möglichen Krebse, Krabben und Schlammspringer aus ihren Höhlen im Schlick krabbeln. Watt- und Stelzvögel finden dann ienen reich gedeckten Tisch. Als Wattwanderer kann man manche interessante Entedeckung machen und sogar einigermassen trockenen Fusses zu einigen der kleineren Inselchen in den Buchten hinüberwandern. Wegen der stärkeren Ablagerungvon Sedimenten gibt es im nördlichen Teil des Parks deutlich weniger Korallen und damit auch Fische als weiter im Süden in den Korallengärten, die auch bei Ebbe von Wasser bedeckt bleiben. Wegen der geringen Wassertiefe eignen Sie sich besonders gut zum Schnorcheln. Unglaubliche Mengen an verschiedenen Fischen, z. B, Schnapper, Doktorfische, Papageienfische, Anglerfische, Schmetterlingsfischem aber auch verschiedene Rochen und manchmal sogar kleine (und harmlose) Riffhaie kann man hier beobachten. Weichkorallen sind wgend er WEllen und Turbulenzen im flachen Lagunenwasser allerdings nicht sehr häufig.
Einige der besten Tauchplätze befinden sich entlang oder jenseitz der Saumriffe, die am nördlichen Ende des Parks liegen oder sogar im Marine Reservem noch ein Stück wieter in Richtung Malindi. Da ist zunächst das Moray Eel Reef, das auf einer Tauchtiefe von 10-25 m am dritten Saumriff liegt und auch während der Zeit des Südostpassats betauchbar ist. Wie der englische Name schon sagt, ist das Riff Heimat für grosse Muränenpopulation, darunter auch George, eine handzahme Riesenmuräne, die sich von den ortsansässigen Tauchlehrern streicheln lässt und dies sorgar noch zu geniessen scheint. Daneben sieht man möglicherweise auch Napoleopnfischen und verschiedene Rochenarten sowie Tiefwasserfische wie Kingfish und Barrakuda. Das Riff hat schöne Überhänge und führt zu einem sandigen Boden hinunter.
Ein gutes Stück weiter in Richtung offenes Meer liegt ein 8 – 12 m Tiefe das einzige Schiffswrack in Watamu, die “Shakwe“. Der kleine Fischtawler, 1989 gesunken, ist einfaches Tauchterrain und daher für erste Wracktaucherfahrungen und Fotografen besonders geeignet. Viele Weichkorallen und Stachelrochen, aber auch grosse Zackenbarsche, die in den alten Kühlräumen lauern, haben sich hier in der kurzen Zeit bereits angesiedelt. Auch dieser Platz kann während der Zeit des stürmischen Südostpassats betaucht werden. Am nördlichen Ende der mittleren Bucht, draussen am Saumriff, liegt Dolphin Corner. Das Wasser hier ist ziemlich ruhig und daher die gesamte Tauchsaison über zu erkunden. Das grosse Riff in 10 – 25 m Tiefe hat die Form eines Hügels und bildet an den Rändern Überhänge. Neben zahlreichen Steinkorallen und Rifffischen lassen sich viele Stachelrochen, Riffhaie und dichte Schulen von Süsslippen beobachten, die grösste Attraktion sind aber natürlich die Delphinschulen, die bisweilen durch die Rifföffnung kommen und die glücklichen Taucher umkreisen. Nicht allzu weit davin entfernt liegt The Canyon, eine bis zu 25 m tiefe Riffformation, die an ihrer engsten Stelle einen 30 m breiten, sandigen Kanal bildet. Die Unterwasserlandschaft mit Überhängen und Durchbrüchen, in denen Glasfischschulen stehen, bereichern viele Muränen, aber auch Stachelrochen, Weiss-spitzen- und Schwarzspitzenriffhaie.
Drei weitere Tauchplätze mit relativ guten Chancen , auch grosse Tiefwasserfische zu sehen , sind der Manta Place, der Brain Coral Place, ein riesiger Hirnkorallenblock, der an der Seeseite bis auf 23 m abbricht, und der Deep Place. Vor der entdeckung der einzelnen Unterwasser inseln ausserhalb des dritten Saumriffs war dies mit 25 m der tiefste bekannte Tauchplatz in Watamu. An dem unverdorbenen Riff, an dem wunderbare Hartkorallen Überhänge und kleine Höhlen bilden, die von Goldpunktmuränen bewohnt werden, sieht man häufig auch Delphine, Mantas und Walhaie. Noch tiefer as Deep Place liegt das Black Coral Reef, ds schon allein durch seine Lage 32 – 45 m unter der Wasseroberfläche – nur etwas für erfahrene Taucher ist. Schwarze Korallen bilden hier bis zu 1,8 m hohe, spektakuläre Blöcke, aber auch die WEichkorallen bilden wunderbare Bestände. Es is die einzige Stelle in Watamu, an der die schöne Blaue Seegurke in grösseren Zahlen zu sehen ist.
Ganz im Süden des Watamu Nationalpark liegt über Wasser eine besondere Attraktion für Ornithologen: Whale Island, das von Seeschwalben, aber auch von anderen Seevögeln als Brutkolonie genutzt wird und während dieser Zeit weiss von Vögeln ist. Die Insel geniesst deshalb auch einen besonderen Schutzstatus und darf nur mit Sondergenehmigung des National Park Warden und in begleitung eines Rangers betreten werden.
Glecihes gilt für die berühmten Felshöhlen am Eingang des Mida Creek, die Mida Caves, in denen aussergewöhnlich grosse Zackenbarsche leben. Die bis zu 2 m grossen Fische haben so häufig Besuch erhalten, dass die Zahl der Taucher mit zugang schliesslich begrenzt werden musste. WEr in die Höhlen möchte, die sich abhängig vom Wasserstand zwischen 3 und 6 m unter der Wasseroberfläche befinden, muss auch hier den warden zuf´vor um sein Einverständnis bitten.
Landeinwärts, hinter den schmalen Einlass, öffnet sich eine völlig andere Welt. Die halb verlandete 32 qkm grosse Meeresbucht, die als Mida Creek bekannt ist, wird in weiten Teilen von dichten Mangrovenwäldern bedeckt. Möglicherweise handelt es sich um die fossile Mündung des Sabaki River, der sich heute nördlich von Malindi in den Indischen Ozean ergiesst. Bei Ebbe fällt das Gebiet bis auf wenige tiefe Kanäle trocken und gibt dann weite Schlickflächen frei, auf denen einheimische Wasser-, Watt-, und Stelzvögel, wie Gelbschnabelstorch, Woolley-Necked Stork, Grau- undSchwarzkofreiher sowie grosser Flamingo auf Narhungssuche gehen. Das für seinen Vogelreichtum unter Vogelfreaks bekannte Gebiet ist zwischen Dezember und April auch ein wichtiger Rast- und Überwinterungsplatz für nordeuropäische Zugvögel, so u. a. Crab-, Grey- und Ringed Plover, Comon- und Curlew Sandpipers, Whimbrel und Sanderling. Am Rande des Mangrovenwaldes leben Great White Erget, Little Ergret, Pied Kingfisher und Malachite Kingfisher, die hier auf Fischjagd gehen, während Osprey und Afrikanischener Fischadler aus der Luft nach Beute Ausschau halten. Carmine Bee Eater und der Hadada Ibis kommen hingegen nur abends ins Mangrovendickicht, um ihre Schlafräume aufzusuchen. Aber natürlich gibt es nicht nur Vögel hier. Mit etwas glück lassen sich auch Warane, kleine Dikdik Antilopen, Mangusten und sogar Affen beobachten.
Einerseits ist der Mangrovenwald des Mida Creek, in dem allein acht verschiedene Krabbenarten leben, alos der Lebensraum zahlreicher Tiere, aber auch als Kinderstube für viele Meeresorganismen unverzichtbar.
